シングルセル解析（scRNA-seq）
シングルセルRNA-seq・CITE-seq
シングルセルRNA-seqは、探索段階で組織中の細胞を1細胞ずつ遺伝子発現プロファイリングし、標的抗原の発現の偏り（不均一性）や正常組織での発現（オフターゲット懸念）を把握する手法です。CITE-seqでは細胞表面タンパク質も同時に測定でき、抗体・ADC・二重特異性・CAR-Tなどモダリティを問わず標的選定やde-riskに使われ、読み出しはNGSで行います。
- 分類
- シングルセル解析（scRNA-seq）
- 主な用途
- scRNA-seq / CITE-seq / 標的発現プロファイリング / 細胞不均一性 / 探索
- 代表メーカー
- 10x Genomics・BD・Parse Biosciences・Fluent BioSciences ほか計5社
- 関連キーワード
- single-cell RNA-seq / scRNA-seq / CITE-seq / 標的抗原発現 / 細胞不均一性 / 10x Genomics Chromium
用途・特徴
シングルセルRNA-seqは、組織や培養細胞を1細胞ずつに分け、それぞれの細胞が発現する遺伝子（mRNA）を並列に読み取る手法です。集団の平均を見るバルク解析と違い、細胞ごとの発現プロファイルから細胞種や状態の違い（不均一性）や希少な集団を捉えられます。CITE-seqでは、オリゴ標識抗体を用いて細胞表面タンパク質の発現もトランスクリプトームと同時に取得します。
探索段階では、標的抗原がどの細胞にどの程度発現しているか、正常組織にも出ていないか（オフターゲット懸念）を1細胞解像度で確認でき、標的の妥当性評価やde-riskに役立ちます。得られる情報は特定のモダリティに依存しないため、抗体・ADC・二重特異性抗体・CAR-Tなど幅広い探索・非臨床のプログラムで、標的選定や候補の絞り込みに横断的に使われます。
Point
- 組織や培養細胞を1細胞ずつ遺伝子発現プロファイリングする
- 細胞集団の平均では見えない不均一性や希少集団を捉えられる
- CITE-seqでは細胞表面タンパク質も同時に測定できる
- 標的抗原の発現分布や正常組織でのオフターゲット懸念の評価に使える
- 抗体・ADC・二重特異性・CAR-Tなどモダリティを問わず利用される
- 読み出しはNGSで行い、単一細胞の分離・ライブラリー調製・解析がセットで必要
使用方法
基本的には、検体を単一細胞懸濁液にしてから1細胞ごとにバーコードを付与し、ライブラリーを調製してNGSで読み取り、細胞ごとの発現データとして解析します。
1組織・検体から単一細胞懸濁液を調製する
2（CITE-seq）オリゴ標識抗体で細胞表面タンパク質を染色する
31細胞ごとにバーコードを付与する
4cDNA合成とライブラリー調製を行う
5NGSで配列を読み取る
6細胞をクラスタリングし発現・不均一性を解析する
実際の条件は、検体の種類、細胞の状態や生存率、目的（全トランスクリプトーム／ターゲットパネル）、必要な細胞数、プラットフォーム、解析パイプラインによって変わります。