空間オミクス（空間トランスクリプトミクス）
空間トランスクリプトミクス・空間オミクス
空間トランスクリプトミクスは、組織切片の上で遺伝子発現を「どこにあるか」という位置情報つきで計測する手法です。標的抗原が腫瘍のどの領域に、正常組織のどこに発現するか（局在・オフターゲット）を、組織構造を保ったまま評価できます。抗体・ADC・CAR-Tの標的de-riskや腫瘍微小環境の理解に、モダリティ横断で使われます。
- 分類
- 空間オミクス（空間トランスクリプトミクス）
- 主な用途
- 空間トランスクリプトミクス / in situ / 抗原局在 / 腫瘍微小環境 / 探索
- 代表メーカー
- 10x Genomics・Bruker（NanoString）・Vizgen（3社）
- 関連キーワード
- spatial transcriptomics / 空間トランスクリプトミクス / 空間オミクス / 抗原局在 / 腫瘍微小環境 / 10x Visium Xenium
用途・特徴
空間トランスクリプトミクス（空間オミクス）は、組織切片を対象に、遺伝子発現量を位置情報とともに読み取る計測手法・プラットフォームの総称です。切片の各領域や1細胞レベルで、どの遺伝子がどこで発現しているかを、組織の形態を保ったまま可視化します。
探索・非臨床では、標的抗原の発現が腫瘍のどの領域に集中し、正常組織のどこまで及ぶか（局在・オフターゲット）を切片上で確認できるため、抗体・ADC・CAR-Tなどモダリティを問わず標的のde-riskに使われます。免疫細胞や間質の分布と合わせて読むことで、腫瘍微小環境の理解にもつながります。
Point
- 遺伝子発現を位置情報つきで計測し、組織構造を保ったまま局在を評価できる
- バーコードアレイ型と単分子in situ型など、解像度・多重度の異なる方式がある
- 標的抗原の腫瘍内局在と、正常組織での発現（オフターゲット）を同一切片で確認できる
- 抗体・ADC・CAR-Tなどモダリティ横断で、標的のde-riskに使える
- 免疫細胞・間質の分布と合わせ、腫瘍微小環境の理解に役立つ
- 切片の種類（FFPE/凍結）、パネル設計、解析パイプラインが結果を左右する点に注意
使用方法
基本的には、組織切片を専用スライドやアレイに載せ、標的核酸を捕捉・検出したうえで、位置情報と対応づけて発現を解析します。
1組織切片を準備する（FFPE/凍結）
2専用スライドやアレイに載せる
3標的核酸を捕捉・ハイブリダイズする
4シグナルを検出・イメージングする
5位置情報と対応づけて発現を定量する
6領域・細胞集団ごとに解析する
実際の手順は、対象がFFPEか凍結切片か、方式（バーコードアレイ型・単分子in situ型）、パネル設計、解像度、解析パイプラインによって変わります。