空間トランスクリプトミクス・空間オミクス

掲載メーカー3社10x Genomics・Bruker（NanoString）・Vizgen

掲載製品3製品各社の公式ページへのリンク付き

要点

標的抗原が腫瘍のどの領域に、正常組織のどこに発現するか（局在・オフターゲット）を、組織構造を保ったまま評価できます。抗体・ADC・CAR-Tの標的de-riskや腫瘍微小環境の理解に、モダリティ横断で使われます。

空間トランスクリプトミクス（空間オミクス）は、組織切片を対象に、遺伝子発現量を位置情報とともに読み取る計測手法・プラットフォームの総称です。切片の各領域や1細胞レベルで、どの遺伝子がどこで発現しているかを、組織の形態を保ったまま可視化します。

探索・非臨床では、標的抗原の発現が腫瘍のどの領域に集中し、正常組織のどこまで及ぶか（局在・オフターゲット）を切片上で確認できるため、抗体・ADC・CAR-Tなどモダリティを問わず標的のde-riskに使われます。免疫細胞や間質の分布と合わせて読むことで、腫瘍微小環境の理解にもつながります。

基本的には、組織切片を専用スライドやアレイに載せ、標的核酸を捕捉・検出したうえで、位置情報と対応づけて発現を解析します。

1組織切片を準備する（FFPE/凍結）

2専用スライドやアレイに載せる

3標的核酸を捕捉・ハイブリダイズする

4シグナルを検出・イメージングする

5位置情報と対応づけて発現を定量する

6領域・細胞集団ごとに解析する

実際の手順は、対象がFFPEか凍結切片か、方式（バーコードアレイ型・単分子in situ型）、パネル設計、解像度、解析パイプラインによって変わります。