ヌクレアーゼ（ベンゾナーゼ等）

ヌクレアーゼは二本鎖・一本鎖DNAおよびRNAを非特異的に切断するエンドヌクレアーゼで、代表例のベンゾナーゼは核酸を3〜8塩基程度のオリゴヌクレオチドまで分解します。多くがMg2+依存性で、至適pHは概ね中性〜弱アルカリ、活性はEC高純度品やGMPグレードなどの等級で提供されます。Serratia marcescens由来の組換え型が広く使われます。

選定軸は、製品の純度・規制対応（GMP/動物由来成分フリー/エンドトキシン規格）、活性単位あたりの価格、後工程での除去性です。残存酵素は宿主細胞タンパク質（HCP）として管理対象になるため、メーカーが残存酵素ELISAを提供しているか、クロマトやTFFで除去できるかを確認します。代替としてMg2+非依存型や耐塩性の高い改良型ヌクレアーゼもあります。

工程設計では、溶解液の塩濃度・キレート剤（EDTAは活性を阻害）・温度・反応時間を最適化し、必要な残存DNA低減（多くはqPCRで規格化）を達成します。添加位置は細胞溶解直後やハーベスト後が一般的で、反応後はAEXやアフィニティ、限外ろ過などで分解産物と酵素自体を除去します。