エキソヌクレアーゼ・Plasmid-Safe DNase（残存直鎖DNA除去）

エキソヌクレアーゼは、DNAの末端（3'端または5'端）から1ヌクレオチドずつ分解していく酵素です。制限酵素のような内部切断（エンドヌクレアーゼ）と異なり、末端が存在しない環状・閉端のDNAは基質になりにくいため、「直鎖状の不純物だけを分解して、目的の環状/閉端DNAは残す」という選択的な精製に使えます。直鎖DNA製造では、doggybone型の閉端DNAや目的プラスミドを保護しつつ、残存する開環プラスミド・直鎖の鋳型・切り出されたバックボーン断片を末端から削り取る用途が中心になります。

酵素ごとに基質特異性が異なります。Plasmid-Safe ATP-Dependent DNase（LGC Biosearch／Lucigen）はATP存在下で直鎖dsDNAを分解し、環状・スーパーコイル状のプラスミドは分解しないとメーカーが説明しています。Exonuclease V（RecBCD, NEB M0345）は直鎖の一本鎖・二本鎖DNAを両端から分解し、Exonuclease III（NEB M0206／Thermo EN0191）は二本鎖DNAの3'端から、Exonuclease I（NEB M0293／Thermo EN0581）は一本鎖DNAの3'→5'方向、Lambda Exonuclease（NEB M0262）は5'リン酸化dsDNAを5'→3'方向に分解します。除去したい不純物の鎖性（ss/ds）・末端・環状性に合わせて選定します。

PCRルートで直鎖DNAを増幅する場合は、残存プライマー・鋳型・一本鎖副産物の除去にExonuclease Iなどを使い、後段のシークエンスや定量の妨げを減らします。いずれの酵素も反応後は熱失活やクロマトグラフィー・磁気ビーズで除去し、残存酵素やヌクレオチドが最終製品や後工程（IVT等）に持ち込まれないようにします。性能値・至適条件・活性単位はいずれもメーカー公表値に基づくため、実際の適用では各製品のマニュアルとロット情報を確認します。