細胞株開発・クローン選抜
導入遺伝子や発現ベクター、クローン確認に使われる。
主な用途
- クローン確認
関連解析装置・技術
Sangerシーケンス
Sangerシーケンスは、DNA配列を1塩基ずつ読み取るための古典的なシーケンス技術です。特定のPCR産物やプラスミド、挿入配列、変異部位などを狙って確認する用途に向いています。
- 分類
- 関連解析装置・技術
- 主な用途
- 配列確認 / プラスミド確認 / 変異確認 / キャピラリー電気泳動
- 関連モダリティ
- 抗体医薬 / ADC / 二重特異性抗体 / Fc融合タンパク質・組換えタンパク質 / AAV / レンチウイルス / プラスミドDNA / mRNA-LNP / 細胞治療 / iPS細胞・幹細胞由来製品 / 遺伝子編集 / ワクチン / 微生物発酵 / 低分子医薬品
- 代表メーカー
- Thermo Fisher Scientific / Applied Biosystems・Promega・Takara Bio・NEB ほか計23社
- 関連キーワード
- サーマルサイクラー / キャピラリー電気泳動 / NGS / リアルタイムPCR装置 / デジタルPCR装置 / DNA/RNA抽出装置
用途・特徴
Sangerシーケンスは、特定のDNA領域の配列を高い信頼性で確認するために使われます。PCRで増幅した領域やプラスミドDNAをテンプレートとして、サイクルシーケンス反応を行い、反応産物をキャピラリー電気泳動で分離して配列を読み取ります。
Point
- 特定領域のDNA配列を確認できる
- プラスミド確認、クローニング確認、PCR産物確認に使われる
- CRISPR編集部位や変異導入部位の確認に使われる
- Sanger反応後にキャピラリー電気泳動で配列を読む
- NGSより小規模・局所的な配列確認に向く
- サーマルサイクラー、シーケンス試薬、キャピラリー電気泳動装置と組み合わせる
- 受託解析サービスとして外部委託されることも多い
使用方法
基本的には、確認したいDNA領域をPCRで増幅し、PCR産物またはプラスミドをテンプレートとしてサイクルシーケンス反応を行います。
1DNAサンプルを準備する
2必要に応じてPCRで対象領域を増幅する
3PCR産物やプラスミドを精製する
4シーケンスプライマーを準備する
5BigDyeなどのSangerシーケンス試薬で反応する
6反応産物を精製する
7キャピラリー電気泳動装置にセットする
8蛍光シグナルを読み取る
9配列データを解析する
10参照配列と比較して確認する
実際の条件は、テンプレートの種類、PCR産物サイズ、プライマー設計、GC含量、反復配列、シーケンス長、解析目的、受託解析の有無によって変わります。
NGSとの違いは？
SangerシーケンスとNGSは、どちらもDNA配列を読む技術ですが、向いている用途が異なります。
結論
Sangerシーケンスは「狙った配列を確認する技術」、NGSは「広く大量に読む技術」と考えるとわかりやすくなります。
主な対象
多数領域、全ゲノム、トランスクリプトーム、メタゲノム
特定のPCR産物、プラスミド、単一領域
読み取り量
非常に多い
少ない
主な用途
外来性ウイルス検出、変異解析、網羅解析、細胞株特性解析
配列確認、クローニング確認、変異確認
強み
網羅性とスループットが高い
結果が解釈しやすい
注意点
ライブラリー調製、解析、データ管理が必要
多数サンプルや低頻度変異には不向き
向く場面
広範囲・多数ターゲット・未知因子探索
狙った配列の確認
キャピラリー電気泳動との関係
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| Sangerシーケンス | DNA配列を読む解析法 |
| キャピラリー電気泳動 | Sanger反応産物を分離・検出する装置技術 |
| 主な用途 | 配列確認、クローニング確認、変異確認 |
| 関連装置 | Genetic Analyzer、Spectrum Compact CEなど |
| 関連試薬 | BigDye Terminator、サイクルシーケンス試薬など |
通常PCRとの違いは？
| 項目 | 通常PCR | Sangerシーケンス |
|---|---|---|
| 主な目的 | DNAを増幅する | DNA配列を読む |
| 使用装置 | サーマルサイクラー | サーマルサイクラー＋キャピラリー電気泳動装置 |
| 結果 | PCR産物の有無やサイズ | 塩基配列 |
| 主な確認方法 | ゲル電気泳動、フラグメント解析 | クロマトグラム、配列データ |
| 向く用途 | インサート確認、遺伝子確認 | 配列確認、変異確認、編集確認 |
主な用途
| 用途 | 内容 | 主な場面 |
|---|---|---|
| プラスミド配列確認 | クローニングしたプラスミドの挿入配列を確認する | mRNA鋳型、AAVプラスミド、発現ベクター |
| クローニング確認 | インサート配列や変異導入部位を確認する | 細胞株開発、遺伝子導入、研究開発 |
| PCR産物確認 | PCRで増幅した目的領域の配列を確認する | 遺伝子確認、細胞同一性、変異確認 |
| CRISPR編集確認 | 編集部位周辺の配列を確認する | 遺伝子編集、細胞株構築 |
| 細胞同一性確認 | 特定遺伝子やSTR周辺の確認に使われる場合がある | セルバンク、細胞株確認 |
| 変異確認 | 点変異、挿入、欠失を確認する | 変異導入、クローン確認 |
| ウイルスベクター確認 | ベクター配列や挿入配列を確認する | AAV、レンチウイルス、遺伝子治療 |
| 菌株・プラスミド確認 | 大腸菌コロニーやプラスミドの配列確認 | プラスミドDNA製造、微生物発酵 |
選定ポイント
運用形態自社解析か、受託解析か
サンプル数少数サンプルか、多数サンプルか
テンプレートPCR産物、プラスミド、BAC、コロニー、未精製サンプルなど
読み取り長必要なリード長、配列品質
難読配列GCリッチ、反復配列、二次構造に対応できるか
装置SeqStudio、3500、Spectrum Compact CEなど
試薬BigDye、サイクルシーケンス試薬、精製試薬
前処理PCR、PCR産物精製、シーケンス反応精製
解析ソフトクロマトグラム確認、アライメント、変異確認
GMP対応試験法、データ記録、監査証跡、LIMS連携の要否
コスト装置、保守、試薬、受託費用、ランニングコスト
サポート国内保守、受託解析の納期、トラブル時対応
使用される工程
遺伝子導入・安定発現株作製
挿入配列、ベクター構造、変異導入部位の確認に使われる。
主な用途
- 挿入確認
セルバンク
細胞同一性確認、導入配列確認、細胞株確認に関係する。
主な用途
- 同一性確認
汚染確認・安全性評価
細胞同一性や特定配列確認の一部で使われる。
主な用途
- 安全性確認
プラスミドDNA製造
プラスミド配列、インサート、プロモーター、polyA配列などの確認に使われる。
主な用途
- 配列確認
AAV製造
AAVプラスミド、ベクター配列、構築確認に使われる。
主な用途
- 構築確認
レンチウイルス製造
ベクター構築、導入配列、パッケージング関連配列確認に使われる。
主な用途
- ベクター確認
mRNA-LNP製造
プラスミド鋳型やLinear DNAの配列確認に関係する。
主な用途
- 鋳型確認
遺伝子編集
編集部位周辺の配列確認、クローン確認に使われる。
主な用途
- 編集確認
品質評価・分析
特定配列確認、変異確認、原材料確認に使われる。
主な用途
- 変異確認
研究開発
クローニング、変異導入、プラスミド確認、遺伝子確認に広く使われる。
主な用途
- 配列確認
各工程で広く使われる基準法・装置・試薬は、各モダリティの工程マップで製造の流れに沿って確認できます。
使用されるモダリティー
ADC
関連度中〜高
抗体原薬用発現ベクターCHO細胞
抗体部分の遺伝子構築確認で関係する。
Fc融合タンパク質・組換えタンパク質
関連度中〜高
発現ベクター配列確認細胞株開発
組換えタンパク質の遺伝子配列確認に使われる。
AAV
関連度高
プラスミドITR周辺導入遺伝子
AAVプラスミドやベクター構築確認に使われる。
レンチウイルス
関連度高
ベクター構築導入配列パッケージング関連確認
遺伝子治療・細胞治療ベクターの確認に関係する。
プラスミドDNA
関連度高
プラスミド構築インサート変異確認
mRNAやAAV原料の配列確認に使われる。
mRNA-LNP
関連度高
プラスミド鋳型Linear DNA
mRNA合成前のテンプレート配列確認に関係する。
ワクチン
関連度中
細胞基材ウイルスシード配列確認
構築物やウイルス関連配列確認に使われる。
メーカー製品
Sangerシーケンス装置・キャピラリー電気泳動装置（7）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsSeqStudio Genetic AnalyzerSangerシーケンスとフラグメント解析に対応するベンチトップ型キャピラリー電気泳動装置。低〜中スループットの配列確認に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsSeqStudio Flex Genetic AnalyzerSangerシーケンスとフラグメント解析に対応するSeqStudioシリーズの拡張モデル。複数キャピラリー構成でスループットに応じて選択できる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied Biosystems3500 Genetic Analyzer8キャピラリー構成の遺伝子解析装置。Sangerシーケンス、フラグメント解析、STR解析に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied Biosystems3500xL Genetic Analyzer24キャピラリー構成の遺伝子解析装置。Sangerシーケンスやフラグメント解析の高スループット運用に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied Biosystems3730xl DNA Analyzer高スループットのキャピラリー電気泳動装置。大量のSangerシーケンスやフラグメント解析に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Sangerシーケンス試薬（8）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsBigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing KitSangerシーケンス用の代表的なサイクルシーケンスキット。PCR産物、プラスミド、fosmid、BACテンプレートなどの配列確認に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsBigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit短いPCR産物や特定用途のSangerシーケンス反応に使われるサイクルシーケンスキット。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsBigDye Direct Cycle Sequencing KitPCRとシーケンスを簡略化するためのSangerシーケンス関連キット。PCR産物の直接シーケンスに使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsBigDye XTerminator Purification KitBigDye反応後の精製に使われるキット。キャピラリー電気泳動前の反応クリーンアップに使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsExoSAP-IT PCR Product Cleanup ReagentPCR産物中のプライマーやdNTPを分解し、Sangerシーケンス前処理に使われるクリーンアップ試薬。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
サーマルサイクラー・PCR前処理（7）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsVeritiPro Thermal CyclerPCR増幅やサイクルシーケンス反応に使われるサーマルサイクラー。温度制御、接続性、96ウェル構成に対応する。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsSimpliAmp Thermal CyclerコンパクトなPCRサーマルサイクラー。Sanger前処理PCRやサイクルシーケンス反応に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Bio-RadT100 Thermal Cycler96ウェル対応のコンパクトなサーマルサイクラー。PCR条件検討やSanger前処理に使われる。公式URL 国内取扱 バイオ・ラッド ラボラトリーズ（日本法人）
Bio-RadC1000 Touch Thermal Cycler交換式ブロックに対応するサーマルサイクラー。PCR増幅や条件検討に使われる。公式URL 国内取扱 バイオ・ラッド ラボラトリーズ（日本法人）
PCR産物・シーケンス反応精製（7）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsBigDye XTerminator Purification KitBigDye反応後のクリーンアップに使われるキット。キャピラリー電気泳動前処理に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsExoSAP-IT PCR Product Cleanup ReagentPCR産物中の残存プライマーやdNTPを処理するクリーンアップ試薬。Sanger前処理に使われる。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Cytivaillustra ExoProStar / GFX PCR DNA and Gel Band Purification KitPCR産物やDNA断片の精製に使われる製品群。Sanger前処理で使われる。公式URL 国内取扱 サイティバ（日本法人）
解析ソフト・データ管理（8）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsSequencing Analysis SoftwareSangerシーケンスデータのベースコールやクロマトグラム確認に使われるソフトウェア。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsSeqScape SoftwareSangerシーケンスデータのアライメント、変異確認、配列比較に使われるソフトウェア。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher Scientific / Applied BiosystemsVariant Reporter SoftwareSangerシーケンスデータの変異確認やレポート作成に使われるソフトウェア。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
Thermo Fisher ScientificSampleManager LIMSシーケンス結果、サンプル情報、品質試験データ管理に使われるLIMS。公式URL 国内取扱 サーモフィッシャーサイエンティフィック（日本法人）
受託解析サービス（10）
Azenta Life Sciences / GENEWIZSanger SequencingDNA配列決定の受託サービス。プラスミド、PCR産物、未精製PCR産物、コロニーなどに対応する。公式URL
関連製品
掲載情報の確認日：2026年7月（メーカー公開情報をもとに編集部が確認。最新・正確な仕様は各社公式をご確認ください）