キャッピング試薬・キャップアナログ

5'キャップ（m7Gppp…）はmRNAの安定性と翻訳開始、自然免疫回避に必須の構造です。付与方式は大きく二つで、共転写型はキャップアナログをIVT反応液に共存させ、T7 RNAポリメラーゼが転写開始時にキャップを取り込みます。CleanCapに代表される三量体型アナログは正方向取り込みと高いキャッピング率を実現し、ワンポットで工程が単純な点が利点です。

後転写型は、まずキャップ無しのRNAをIVTで合成し、ワクシニアキャッピング酵素（GTP・SAM存在下でCap0を形成）と2'-O-メチル転移酵素でCap1まで仕上げます。配列依存性が小さく長鎖・自己増幅型でも高いキャッピング率を得やすい一方、酵素・基質コストと工程数が増えます。選定軸はCap0かCap1か（Cap1はRIG-I/IFIT系の自然免疫を回避し翻訳活性が高い）、キャッピング率、5'末端配列の制約、コスト、GMPグレードと供給安定性です。

工程設計では、共転写型はアナログ濃度とGTP比、開始配列（多くがAGやGGで始まる制約）を最適化し、後転写型は酵素単位数・反応時間・スケール時のSAM消費を管理します。いずれもLC-MS等によるキャッピング率（%Cap1）の測定と、翻訳活性・mRNA完全性の確認をセットで行い、原薬規格に落とし込みます。