キャッピング試薬・キャップアナログ

後転写型は、まずキャップ無しのRNAをIVTで合成し、ワクシニアキャッピング酵素（GTP・SAM存在下でCap0を形成）と2'-O-メチル転移酵素でCap1まで仕上げます。配列依存性が小さく長鎖・自己増幅型でも高いキャッピング率を得やすい一方、酵素・基質コストと工程数が増えます。選定軸はCap0かCap1か（Cap1はRIG-I/IFIT系の自然免疫を回避し翻訳活性が高い）、キャッピング率、5'末端配列の制約、コスト、GMPグレードと供給安定性です。

工程設計では、共転写型はアナログ濃度とGTP比、開始配列（多くがAGやGGで始まる制約）を最適化し、後転写型は酵素単位数・反応時間・スケール時のSAM消費を管理します。いずれもLC-MS等によるキャッピング率（%Cap1）の測定と、翻訳活性・mRNA完全性の確認をセットで行い、原薬規格に落とし込みます。