LC-MS（液体クロマトグラフ質量分析）

LC-MSは、LCで複雑な混合物を分離し、ESIでイオン化したうえで質量分析計に導入して、各成分の正確な質量を測定する手法です。タンパク質はESIで多価イオン（多数の電荷状態）として検出されるため、得られた多価スペクトルをデコンボリューションして、実際の分子量（中性質量）に変換します。これにより、抗体や組換えタンパク質のインタクト質量、軽鎖・重鎖・Fc/Fabなどのサブユニット質量を直接確認できます。

酵素消化（トリプシンなど）で得たペプチドをLC-MS/MSで測定するペプチドマッピングでは、配列の確認に加え、酸化、脱アミド、C末端Lys、N末端ピログルタミン酸といったPTM、糖鎖修飾の部位と相対量を評価できます。糖鎖はPNGase Fで遊離させた後に標識してプロファイルを取得することも、ペプチド上のグリコフォームとして観察することもあります。これらの属性を一つのペプチドマッピング法でまとめて測定・定量し、新規ピークの検出（new peak detection）まで含めて工程管理に使う運用がMAMです。

宿主細胞タンパク質（HCP）の評価では、ELISAを補完する形で、LC-MS/MSによる個々のHCP種の同定と定量（スパイクド標準ペプチドなどを用いた絶対・相対定量）が行われます。装置はQ-TOFやOrbitrapなどの高分解能質量分析計が主流で、用途によっては単四重極の小型システムも使われます。