用語集
「コンカテマー」とは？
目的配列が数珠つなぎに連なった長い直鎖状DNA。ローリングサークル増幅の産物。
目的配列が数珠つなぎに連なった長い直鎖状DNA。ローリングサークル増幅の産物。
コンカテマーとは、目的配列が数珠つなぎに連なった長い直鎖状DNAで、ローリングサークル増幅においてphi29 DNAポリメラーゼが環状鋳型を何周も読み続けることで生じます。製造プロセスでは意図した中間体になる一方、最終産物中に残存すると品質上の問題となるため、その生成と除去の両面を理解しておく必要があります。
phi29 DNAポリメラーゼは、環状DNAの二本鎖をほどきながら環を何周も読み続けます。その結果、同じ配列が繰り返し連結された長い直鎖状DNA、すなわちコンカテマーが形成されます。このコンカテマーはローリングサークル増幅における直接の産物であり、後工程でプロテロメラーゼ（TelN）がコンカテマー中の約56塩基対の認識配列を切断し、切り口を折り返して共有結合で閉じることで、目的の閉末端DNA単位が切り出されます。つまり製造の流れの中では、コンカテマーは「増幅の産物」であると同時に「次の切断工程への基質」でもあります。
コンカテマーは環化・切断が完全に進まなかった場合に副生成物として最終産物中に混在することがあります。環化しきれない線状前駆体やニック体（開環体）と並んで、複数分子がつながった連結体としてのコンカテマーは、製造上避けられない副生成物の一つとして挙げられています。また、強い二次構造と同様に、コンカテマーのような連結体は鋳型を扱いにくくし、分析時の過小評価を招く可能性も指摘されています。製造・分析・品質の各工程でその存在を念頭に置く必要があります。
この定義はProglenth編集部が一般的・基礎的な内容として整理したものです。実際の管理基準・要件は製品・企業・各極の規制により異なります。 正確な運用は各極の薬局方・ガイドライン（ICH／GMP等）やメーカーの一次情報をご確認ください。