用語集
「塩基対」とは？
別名・英語表記：bp ／ base pair
DNA二本鎖において互いに水素結合で対をなすヌクレオチドの単位で、DNA断片の長さを表す基本単位として使われる。
別名・英語表記：bp ／ base pair
DNA二本鎖において互いに水素結合で対をなすヌクレオチドの単位で、DNA断片の長さを表す基本単位として使われる。
塩基対（bp）はDNA・RNAの鎖同士が水素結合で結びつく単位であり、配列の長さを数える基本的なものさしです。製造・分析の現場では「断片が何bpあるか」が安全性評価や捕捉工程の設計に直結するため、単なる長さの単位にとどまらない実務的な意味を持ちます。
DNA断片化の文脈では、塩基対数が機能的な遺伝子として働けるかどうかの目安になります。遺伝子が生物活性を発揮するにはある程度の長さが必要なため、数百塩基対程度以下にまで断片化しておけば機能的な遺伝子として働く確率は大きく下がります。また宿主細胞DNA除去の工程では、総量を減らすだけでなく「断片をおおむね200 bp以下を目安に短くする」ことも明確な目標として設定されます。塩基対数という具体的な数値が、リスク評価と工程設計の両方を束ねる共通言語になっているわけです。
塩基対は1つひとつの結合としては弱くても、連続して並ぶことで安定した結合力を生み出します。オリゴdTアフィニティー精製では、樹脂上のpoly-dTとmRNAのポリA尾部がワトソン・クリック型のA-T塩基対を次々と形成することでmRNAを選択的に保持します。25量体にわたって連続すれば結合は十分に安定になるとされており、塩基対合の安定性は緩衝液のイオン強度にも強く依存します。個々の塩基対の弱さと、積み重なりによる強さ、この二面性が精製条件の設計に直接関わります。
siRNAやASOといった核酸医薬では、塩基対形成は単なる構造の記述ではなく、薬効が成立する条件です。ASOは標的RNAと相補的な塩基対を形成することで働き、siRNAはRISCへの取り込みと連動して機能します。どちらも細胞質側で塩基対形成が成立する必要があり、細胞内への送達が課題になる理由もここにあります。また核酸医薬の配列設計では、意図しない類似配列との塩基対形成（オフターゲット）が設計段階から考慮すべき問題として挙げられます。
この定義はProglenth編集部が一般的・基礎的な内容として整理したものです。実際の管理基準・要件は製品・企業・各極の規制により異なります。 正確な運用は各極の薬局方・ガイドライン（ICH／GMP等）やメーカーの一次情報をご確認ください。