知っておきたいこと
ユーロフィングループの日本法人
ユーロフィンジェノミクスは1992年5月、株式会社サワディー・テクノロジーとして設立されました。2001年にキアゲンのグループに入り、2004年にマネジメント・バイアウトで独立してオペロン・バイオテクノロジーとなります。2007年にユーロフィングループに入り、2014年7月に今の社名になりました。
本社は東京都千代田区で、大田区の京浜島と大阪市にも拠点があります。従業員は約60人です。受けているのは、オリゴDNAの合成、DNAシーケンス、人工遺伝子合成、ペプチド合成と抗体作製、次世代シーケンス、オミックス解析です。製品とサービスは試験・研究用です。
DNAシーケンスとプラスミドの全長
DNAシーケンスは、PCR産物やプラスミドに、プライマーを混ぜて送る形と別に送る形があります。テンプレートの品質と濃度を確かめてから測るフルサポート、プライマーウォーキングも選べます。試料の送り先は京浜島のDNAシーケンス部門です。
最短で、試料が着いた当日に結果を報告します。
プラスミド全長シーケンスは、Oxford Nanoporeのロングリードを使い、2.5〜300kbpの環状プラスミドの配列を決めます。納めるのは解析レポート（HTML）、アセンブルした配列（FASTA）、アノテーション付きの配列（GenBank）です。
RNA-seqとゲノム解析
RNA-seq（mRNA-Seq）は、NovaSeqで2×150bpを読み、1試料あたり約1,300万リード・2Gbからです。
| 項目 | 条件 |
|---|---|
| 試料 | total RNA。ポリA精製は2µg以上、rRNA除去は推奨5µg以上（濃度20ng/µL以上） |
| rRNA除去の対象 | 細菌、ヒト、マウス、ラット（細菌は事前に相談） |
| 納めるデータ | FASTQ。解析ありではBAMと遺伝子発現量のデータ（Excel） |
| 納期 | QC合格後4〜7週。解析を加えると1〜2週追加 |
ゲノムでは、配列が分かっている生物の全ゲノム再シーケンスと、PacBioを使うde novoゲノム解析を受けます。マーカー探索向けのGRAS-Di®解析、調製済みライブラリーのシーケンスもあります。
国内で行うオミックス解析
オミックス解析は、すべて国内の研究機関で行うとしています。DIAプロテオーム解析はかずさDNA研究所が担い、培養した哺乳類細胞で最大12,000のタンパク質を同定して比べます。
ほかに、Seerの技術による血清・血漿のプロテオーム解析、メタボローム・リピドーム解析、シングルセル解析があります。1つの試料からRNAとタンパク質を取り出すマルチオミクス解析も受けます。依頼は公式サイトの注文ページと、サービスごとの窓口で受けています。