知っておきたいこと
枯草菌を使うDNA合成から始まった会社
シンプロジェンは2017年2月21日、神戸大学大学院科学技術イノベーション研究科発のスタートアップとして設立されました。本社とR&Dセンターは神戸市中央区港島南町にあります。核にあるのは、枯草菌を使ってDNAの断片を多重に集積するOGAB法で、創業者の一人が枯草菌で巨大なDNAを操作する方法を開発する過程で考えました。
事業は2つで、DNAの受託合成と、遺伝子治療用製品のCMC（製品化研究）を受ける「遺伝子治療バイオファウンドリ」です。
長鎖DNAと合成困難な配列
OGAB法では、配列をブロックに分けて設計し、自動化装置でブロックを合成して集積し、枯草菌の細胞内で環状にしてプラスミドにします。50個以上のブロックを集積して、100kbを超える長鎖DNAをつくれます。受けられる長さは0.1〜150kbで、それ以上は相談のうえ決めます。扱う配列には、リピート配列やタンデムリピートを多く含むもの、逆位反復配列を含むもの、極端にGCリッチ・ATリッチなもの、大腸菌でクローニングできない配列（致死配列など）が挙がっています。プラスミドの全合成や、指定のベクターへの挿入も受けます。納品する配列はNGSとサンガーシーケンシングで解析します。保証収量は1μg以上で、オプションで20mg程度までは自社で大量調製します。それを超える分やGMP対応は、国内の協力会社で行います。
精製は、枯草菌か大腸菌のどちらで作った場合も塩化セシウム-エチジウムブロマイド密度勾配超遠心法です。一般的なカラムのキットより、ccc（スーパーコイル）状のプラスミドの純度が高くなります。mRNAのin vitro転写（IVT）の鋳型や、qPCR検査・診断キットの原料に向くとしています。
納品するベクターは研究目的に限られ、商業利用にはライセンス契約が必要になる場合があります。
ウイルスベクターのCMC
遺伝子治療バイオファウンドリでは、AAVベクター、レンチウイルスベクター、mRNAを扱います。製薬企業や創薬ベンチャーから開発を受け、CMCの業務を担います。GMPの製造はパートナー企業に移す形です。
上流では、バイオリアクターを使う接着培養と浮遊培養の両方を持ちます。宿主細胞は、自社でセルバンク化したHEK293細胞か依頼元のセルバンクです。トリプルトランスフェクション法に加え、自社のオールインワンプラスミドを使う工程開発にも対応します。設備は固定床リアクターのScale-X hydro（接着面積2.4m²）と、全容0.04Lから10Lまでの撹拌槽リアクターです。
スケールアップは、まずスケールダウンモデル（SDM）で実験計画法（DOE）などを使って工程を最適化し、そのうえでkLaやP/Vといった化学工学の手法とシミュレーションで検討します。下流では、ハーベスト液の空カプシド粒子、宿主由来タンパク質、原料DNAを除くため、中空糸フィルターやカラムを使う精製工程を開発します。製剤では標準処方で安定性を評価し、治験薬の有効期限の根拠データ（ゲノムタイター、TCID50など）を取ります。
試験法の開発と品質管理
試験法の開発では、ウイルスベクターとmRNAの特性解析、安定性試験、GMP準拠の試験法のバリデーションまで受けます。最終製品のGMP製造における品質試験も行います。試験の例は、次世代シーケンサーによる核酸配列の完全性、キャピラリー電気泳動によるAAVのVP1/VP2/VP3比、UHPLCによる空カプシド率です。
相談先
サービスと技術の問い合わせ、共同研究の相談は、公式サイトのフォームで受けています。DNA合成の見積もりは、配列によって難度と作業が変わるため案件ごとです。