ペプチド医薬の類縁物質プロファイリング：純度の読み方と読み違い

Proglenth 編集部公開 2026-07-22更新 2026-10-09約7分で読めます

ペプチド原薬の試験成績書に「HPLC純度99%」とあれば、合格と思いたくなります。けれども、残りの1%が何なのかは、この数字からは分かりません。ペプチドでは、その1%が本体と質量まで同じ分子であることもあるからです。

類縁物質（related substances）は、本体によく似て非なる不純物の総称です。ペプチドは、合成の途中でも保存中でも、アミノ酸が1つ抜ける、向きが反転する、酸化されるといった小さな変化を起こします。質量や疎水性（水をはじく性質）のわずかな差を頼りに分けて正体を確かめるため、見落としの起きやすい分野です。

原薬の供給元や合成ルートを変えるとき、後発品を開発するとき、この顔ぶれの違いが判断を左右します。

本体に似て非なるもの ― ペプチド特有の類縁物質

類縁物質は、どこで生まれるかで3つに分けると見通しが良くなります。

1つ目は、合成で生まれるものです。固相ペプチド合成（SPPS）は、アミノ酸を1つずつ鎖に足していく工程を繰り返します。どこかの回で反応が完全に進まないと、その残基が抜けた鎖（欠損配列）が残り、逆に余分に入れば挿入配列と呼ばれます。アミノ酸を活性化する段階では、とくにシステインやヒスチジンで立体が反転するエピマー化（ラセミ化）が起こり、本体と同じ質量の分子（ジアステレオマー）が混じります。Asp-Xという並びでは、環をつくる副反応（アスパルチミド形成）も知られています。組換えで作るルートでは、これに宿主細胞由来の不純物が加わります。

2つ目は、保存やストレスで生まれるものです。メチオニン・トリプトファン・システインの酸化、アスパラギンやグルタミンの脱アミド、末端の切断、ジスルフィド結合の架け違いが典型です。どの条件でどこまで進むかは、強制分解試験で先に洗い出します。

3つ目は、会合です。疎水性の高いペプチドや高濃度の製剤では、二量体やオリゴマーができます。

類縁物質	何が起きるか	質量
欠損配列・挿入配列	アミノ酸が1つ抜ける、余分に入る	変わる
エピマー	アミノ酸1つの立体が反転する	変わらない
酸化体	メチオニンなどに酸素が付く	わずかに増える
脱アミド体	アスパラギンなどがアミドを失う	ほとんど変わらない
切断体	末端などが削れる	減る
ジスルフィド異性体	S-S結合の相手が違う	変わらない
二量体・凝集体	分子が会合する	倍数で増える

脂肪酸の側鎖をつけたGLP-1のような分子では、側鎖がつかなかった分子や、つく位置が違う分子が加わり、骨格だけのペプチドより一段複雑です。側鎖の位置がなぜ重要かは、GLP-1ペプチドの脂質化の記事にあります。

類縁物質は「質量で見分けられるか」で分かれ、そこで使う分析法が決まります。

分けるのはRP-HPLC、正体を決めるのはLC-MS

純度試験の主役は逆相HPLC（RP-HPLC）で、正体の同定はLC-MSが担います。

RP-HPLCは、疎水性のわずかな差でペプチドを分けます。欠損配列、エピマー、酸化体といった本体に近い不純物を、出てくる時間の差として分けられるので、純度試験の第一選択です。ペプチド結合が吸収する紫外光で検出し、ピークの面積の割合から、純度と各不純物の量を出します。

LC-MSは、分けたピークをそのまま質量分析に送り、精密な質量から何が変わったかを読み取ります。酸素1個分重ければ酸化、というように質量差が変化の種類を示し、酵素で刻んでから調べるペプチドマッピングで、どの残基が変わったかまで特定できます。質量が動かないエピマーは、RP-HPLCで出てくる時間の差と、必要に応じたキラル分析（鏡像の関係を見分ける分析）や、分解したアミノ酸の分析で裏づけます。

1つの分離条件だけでは、別々の不純物が同じ時間に出てくる共溶出を見落とします。移動相のpHやカラムの種類、分離の原理そのものを替えた直交法を併用して、ピークが本当に1つかを確かめます。脱アミドのように電荷が動く変化は、電荷バリアントの分析が別の角度から映します。装置と消耗品は、LC-MSと逆相HPLCカラムの製品ページで比べられます。

RP-HPLCは分けて量り、LC-MSは正体を決めます。質量が同じものは、分ける側の情報に頼ります。

規格と規制 ― ICH Q3Aの外側にある事情

低分子医薬の不純物には、ICH Q3A/Q3Bが報告・同定・安全性確認の閾値を定めています。ところが合成ペプチドは、ICH Q3A/Q3B、Q6A/Q6B、M7の対象から全体または一部が外れています。EMAが、合成ペプチド専用のガイドラインが必要だと説明した理由です。

その空白を埋めるのが、EMAの「合成ペプチドの開発と製造に関するガイドライン」です。2025年12月にCHMPが採択し、2026年6月1日に発効しました。固相合成や断片縮合で作るペプチドの製造工程、特性解析、規格、分析管理を対象とし、組換えで作るペプチドは含みません。類縁物質を欠損・切断配列、立体異性体、凝集体などに分けて整理しています。組換え由来のペプチド（インスリンなど）は生物薬品として、ICH Q6Bの枠組みで規格をつくります。インスリンアナログの製造の記事にあるとおりです。

組換え由来の既承認品を参照して、合成ペプチドの後発品（ANDA）を申請する場面については、FDAが2021年5月に最終ガイダンスを出しています。対象に挙がるのは、グルカゴン、リラグルチド、ネシリチド、テリパラチド、テデュグルチドの5つです。ANDAで申請できる条件の中心は不純物で、参照品と共通する不純物は参照品の量以下、新しく現れる個別の不純物は原薬の0.5%以下であることを求めています。0.5%以下でも、一定の量を超えるものは同定して、安全性と有効性に影響しない理由を示す必要があります。

規格の組み立て方は、全部を同じ厳しさで管理するのではなく、リスクに応じてメリハリをつけます。量が多い、あるいは安全性や免疫原性が気になる不純物ほど、同定と個別の規格を厳しくします。残りは、未同定不純物の上限と総量で縛ります。どの特性を重点管理するかはCQAごとの分析法の選び方に、本体と不純物の物差しになる標準品は標準品の設定にあります。分析法が不純物を見分けられること（特異性）は、ICH Q2(R2)の枠組みで示します。

物差しが共通でない分、同定の深さと上限の根拠は、供給元ごとに確かめる必要があります。

よくある読み違い

いちばん多いのは「HPLC純度が高いから、よい原薬」という読み方です。HPLC純度は、検出されたペプチド成分のなかで本体が占める割合です。水分や、酢酸などの対イオンは、分母に入っていません。重量あたりのペプチド含量は別の数字なので、成績書では両方を見ます。

2つ目は「ピークが1本で、質量も合ったから同定できた」という読み方です。共溶出していれば、1本のピークに複数の不純物が隠れています。エピマーやジスルフィド異性体は、本体と質量が同じなので、質量が合っても区別できません。

3つ目は、分析中に出たピークを製品由来と取り違えることです。試料の調製や測定の最中に酸化や脱アミドが進むと、もとの試料にあった不純物と見分けがつきません。調製条件を手順として固定し、時間をおいて測っても変わらないことを確かめます。

4つ目は「総不純物が同じなら、供給元を変えても同じ品質」という考え方です。合成ルートが違えば、欠損配列やエピマーの種類と量が変わります。総量が同じでも、免疫原性や安全性に効く分子が混じるかどうかは別の話です。合成品を後発品とみなせるかが類縁物質の比較にかかるのは、このためです。ルートごとの違いは、組換えと合成の比較とGLP-1受容体作動薬の製造ルートで解説しています。

純度の数字の裏にある不純物の顔ぶれと、その調べ方まで読んで、はじめて品質を比べられます。